Beberapa jamur juga menghasilkan mikotoksin yang dapat menimbulkan risiko kesehatan serius bagi manusia dan hewan. Beberapa penelitian menyatakan bahwa paparan tingkat mikotoksin yang tinggi dapat menyebabkan masalah neurologis dan dalam beberapa kasus, kematian. Penularan berkepanjangan, misalnya paparan rumah setiap hari, dapat sangat berbahaya. Penelitian tentang dampak kesehatan cetakan belum konklusif. Istilah "cetakan beracun" mengacu pada jamur yang menghasilkan mikotoksin, seperti Stachybotrys chartarum, dan tidak semua cetakan secara umum.
Jamur di rumah biasanya dapat ditemukan di daerah yang lembap, gelap atau beruap, seperti kamar mandi atau dapur, tempat penyimpanan yang berantakan, area banjir baru-baru ini, area bawah tanah, ruang pipa, area dengan ventilasi yang buruk dan di luar ruangan di lingkungan yang lembab. Gejala yang disebabkan oleh alergi jamur adalah: mata berair dan gatal; batuk kronis; sakit kepala atau migrain; sulit bernafas; ruam; kelelahan; masalah sinus; sumbatan hidung dan sering bersin.
Jamur juga dapat menimbulkan bahaya bagi kesehatan manusia dan hewan ketika mereka dikonsumsi mengikuti pertumbuhan spesies jamur tertentu dalam makanan yang disimpan. Beberapa spesies menghasilkan metabolit sekunder beracun, secara kolektif disebut mikotoksin termasuk aflatoksin, ochratoxins, fumonisins, trichothecenes, citrinin, dan patulin. Sifat-sifat beracun ini dapat digunakan untuk kepentingan manusia ketika toksisitas diarahkan terhadap organisme lain; misalnya, penisilin berpengaruh buruk terhadap pertumbuhan bakteri Gram-positif (misalnya spesies Clostridium), spirochetes tertentu dan jamur tertentu.